生物安全柜主要是用于生物危害性的防护，但是生物安全柜也极易发生污染，因此生物安全柜的消毒工作尤为重要，有效的消毒才可以有效的保护操作人员。当其发生污染时，应当如何处理呢？
首先，使用生物安全柜完毕后，柜内的所有设备、物品，都应在实验完成后进行全面去污处理并从柜内移除，因为残留的污染物滋生微生物。安全柜的内表面也应在每次使用前后进行去污处理。通常需要用能杀死柜内可能存在的所有微生物消毒剂擦拭工作台表面及内壁面。每天工作结束时，需要对工作台、各个侧面、背面，壁面及玻璃的里面进行全面消毒。
其次，生物安全柜消毒一般采用消毒剂擦拭和熏蒸。常用的熏蒸消毒剂有甲醛、、二氧化氯等。其中，甲醛的成本最便宜，但是甲醛易致癌，易造成头晕，易泄露，带带时间长等缺点，所以已经越来越不推荐了。
目前，干雾蒸汽消毒灭菌技术可以代替传统的甲醛熏蒸法。
干雾灭菌器通过一个喷射接口与主舱体连接，已经有部分型号的安全柜提供此接口，同时有门封板将前面的操作口进行密封。如果这两个配置都没有的话，可以使用一个临时的门封板，并且已经预装好了合适的连接接口，将其安装在前面操作口上，通过门封上的接口将蒸汽喷入生物安全柜内。
注意：实验室中的生物安全柜自使用以后，要严格执行维护和消毒灭菌工作，以防发生安全隐患。
